Alle Ortsgruppen eines Bistums schließen sich zur Diözesanebene zusammen. Delegierte aus den Gruppen kommen auf Diözesankonferenzen zusammen, um sich miteinander auszutauschen, ortsgruppenübergreifende Veranstaltungen zu planen und gemeinsame Positionen zu erarbeiten. Zudem wählen die Delegierten dort ihre Diözesanleitung. Die Diözesanleitung ist für die Umsetzung der gefassten Beschlüsse und die Arbeit der Diözesanebene zuständig. Sie unterstützt Stadtgruppen bei Problemen und vertritt die KSJ nach außen, z.B. gegenüber dem Bistum oder dem BDKJ.

Außerdem werden auf Diözesanebene die Ausbildungskurse für neue Leiter*innen organisiert. Einige Diözesen haben eigene Büros, die die ehrenamtliche Leitung unterstützen.

Diözesanverbände können sich zudem in Regionen zusammenschließen und sich so weiter untereinander vernetzen. Besonders fortgeschritten ist dieses Modell in Bayern, in dem sich die KSJ-Diözesanverbände mit der jungen Gemeinschaft christlichen Lebens (J-GCL) zur LAG Bayern zusammengeschlossen haben.